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La classification moderne, dite phylogénétique, est fondée sur la recherche de parentés entre espèces, exauçant ainsi le voeu ancien de Darwin que toute classification naturelle doit refléter une généalogie. Comme le tome 1 (3e édition publiée en 2006), dont il est le complément indispensable, ce tome 2 de la Classification phylogénétique du vivant est donc une incursion dans l'arbre de la vie. Il comporte les plantes à fleurs (ou angiospermes) et cinq grands groupes d'animaux, à savoir les oiseaux, les hexapodes (insectes, collemboles, etc.), les squamates (lézards et serpents), les cnidaires et les poissons téléostéens. Leur présence dans ce tome 2 tient compte des bouleversements récents de la classification. Ainsi, les angiospermes, qui occupent une place mineure dans le tome 1, sont ici largement développées, le classement de leurs 270 000 espèces étant devenu entre temps une priorité des botanistes. L'organisation de l'ouvrage est la même dans les 2 tomes : chaque branche de l'arbre est un groupe comprenant un ancêtre hypothétique et tous ses descendants. On trouvera pour chaque groupe les arguments de la classification (les innovations évolutives léguées par son ancêtre) et bien d'autres renseignements (nombre d'espèces, plus ancien fossile connu du groupe, etc.).

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